无证驾驶摩托车是否会留案底，主要取决于是否构成交通肇事罪。

1、不构成交通肇事罪：通常情况下，无证驾驶摩托车如果没有构成交通肇事罪，是不会留下案底的。案底一般指的是某人过去犯法或犯罪行为的记录，特指刑事犯罪前科的档案记录。

2、构成交通肇事罪：如果无证驾驶摩托车导致了严重的交通事故，并且被判定为交通肇事罪，那么这种情况下会留下案底。

3、处罚情况：无证驾驶摩托车一般会被处以200元以上2000元以下的罚款，并可能面临15日以下的拘留。在某些情况下，如多次无证驾驶或涉及其他违法行为，处罚可能会更重。

总之，为了避免无证驾驶带来的不良后果，建议摩托车驾驶者确保自己持有合法的驾驶证，并遵守交通规则。