深圳限行的处罚规定如下：

1、处罚标准：

对于非深圳市核发机动车号牌的载客汽车，前两次在禁行区域内违反限行规定不会受到处罚。

从第三次开始，每次违规将被处以300元罚款，并记1分。

2、免限行申请：

外地车辆若需要在工作日的7:00-9:00和17:30-19:30时段来深圳通行，可以提前申请免限行通行证，每月可申请一次。

申请可通过深圳交警公众号或深圳网上交警进行在线操作。

3、注意事项：

深圳市内的高速公路和部分口岸道路不受限行限制。

罚款和记分仅针对非深圳市核发机动车号牌的载客汽车。

总结来说，深圳限行对外地车辆的处罚是采取“前两次免罚，第三次起罚款300元并记1分”的政策，并提供了免限行申请的途径。同时，需要注意部分道路和口岸是不受限行限制的。