政府公务车违章扣分处理主要可以分为以下几步：

1、准备材料：

单位机构代码证复印件

法人代表身份证复印件

单位委托书

违章者本人的驾驶证和身份证

银行卡(用于缴纳罚款)

2、处理流程：

前往车管所或交警队服务大厅，按照流程拿号排队处理。

提交上述所需材料。

等待处理结果，包括确认违章记录、扣分情况和罚款金额。

3、缴纳罚款：

根据处理结果，当事人需在收到罚款的行政处罚决定书之日起十五日内，到指定的银行缴纳罚款。

罚款应当开具省、自治区、直辖市财政部门统一制发的罚款收据。

4、注意事项：

公司车辆违章应由违章时的实际驾驶人去处理。

如果因为公司要求驾驶员违章行驶或停车导致记分，公司应给予驾驶员必要的精神补偿。

5、在线处理：

如果需要给单位车处理违章，可以直接登录付费通官网，根据车辆违规情况直接在线缴纳相应罚款。

以上信息仅供参考，具体处理流程可能因地区和政策差异而有所不同。在处理政府公务车违章扣分时，建议遵循当地交通管理部门的具体规定和流程。