机动车闯红灯扣6分的处理流程相对直接，主要包括以下几个步骤：

一、确认违章事实

当收到闯红灯的违章通知或查询到相关记录时，首先确认违章事实是否无误。

二、准备相关证件

准备好行驶证、驾驶证以及身份证等必要证件，这些证件在处理违章时是必需的。

三、前往指定地点处理

携带上述证件，前往违法行为发生地的车辆管理所或交警大队进行处理。具体地点可能因地区而异，可根据违章通知上的指示或查询当地交警部门的相关规定来确定。

四、接受处罚并缴纳罚款

在处理违章时，需要接受交通部门的处罚，包括扣除6分和缴纳罚款(一般为200元)。罚款可以通过现场缴纳或到指定银行、网上银行等方式进行。

五、确认处理结果

处理完违章并缴纳罚款后，确认处理结果无误。记分会在罚款缴纳后被清除，但需注意记分周期内的累积情况，避免达到12分而被扣留驾照。

注意事项

在处理违章时，务必按照交通部门的要求和流程进行操作，避免产生不必要的麻烦。

如果对违章处罚结果有异议，可以向交警部门进行复核申诉，但需要提供充分的证据来证明自己的清白。

闯红灯是严重的交通违法行为，不仅危及自身和他人的安全，还会受到法律的严厉处罚。因此，驾驶人在行车过程中务必遵守交通规则，确保行车安全。

以上信息仅供参考，具体处理流程可能因地区而异，请根据实际情况和当地交警部门的要求进行操作。