车管所可以处理扣分。当车辆发生违章行为并被扣分时，车主需要携带相关证件(包括车辆行驶证原件、记分人身份证原件、记分人驾驶证原件)前往车管所或交警队服务大厅进行处理。处理流程通常包括拿号排队、提交相关证件、接受处理并缴纳罚款等步骤。

需要注意的是，车管所是公安系统的直属机构，主要负责承办机动车注册、变更、转移、抵押、注销登记等业务，同时也负责处理车辆违章和扣分等相关事宜。然而，在处理扣分时，车主需要确保自己的证件齐全有效，并遵守相关的交通法规和程序。

此外，如果车主的驾驶证在一个记分周期内累积扣满12分，还需要参加学习和考试才能恢复驾驶资格。具体的学习和考试要求可能因地区而异，车主需要根据当地的规定进行操作。